Suatu hari di kota Shibuya yang ramai, seorang anak laki-laki bernama Neku Sakuraba menemukan dirinya memegang dua pin hitam yang memungkinkan dia untuk membaca pikiran orang-orang di sekitarnya. Namun, pin ini juga memberinya kemampuan untuk melihat ‘Noise’, makhluk bermusuhan yang mampu ‘menghapus’ orang dari keberadaannya. Setelah mengetahui bahwa dia terjebak dalam batas-batas kota, Neku menerima pesan tentang misi yang akan menghapusnya jika dia gagal. Saat mencoba untuk menangkis serangan Kebisingan, Neku bertemu dengan seorang gadis bernama Shiki Misaki yang meminta dia untuk membentuk perjanjian kemitraan dengan dia untuk melawan monster. Shiki menjelaskan bahwa dia dan Neku telah menjadi ‘Pemain’ yang berpartisipasi dalam ‘Reaper’s Game’—sebuah acara yang berlangsung selama tujuh hari, masing-masing menampilkan misi yang berbeda. Saat Neku dan Shiki berjuang untuk bertahan hidup setiap hari, mereka mulai bertemu satu sama lain. Pemain dan Reaper sama, bertarung dengan Kebisingan yang lebih kuat, dan pelajari kebenaran di balik misteri yang diselimuti game ini.