Alkisah, suatu ras yang dikenal sebagai Shadow Angels menyerang Bumi untuk memanen kekuatan kehidupan semua orang yang menghuni planet ini. Berkat beberapa mukjizat yang keterlaluan, Malaikat Bayangan menjadi tidak aktif, dan manusia dapat hidup 12.000 tahun lagi tanpa takut akan kehadiran mereka. Tetapi 11 tahun setelah sebuah bencana yang dijuluki Genesis Suci membawa kehancuran ke Bumi, para Malaikat Bayangan diaduk dari tidur mereka dan melanjutkan serangan sekali lagi. senjata robotik bernama Aquarion telah disahkan. Agar Aquarion dapat dibawa ke kekuatan penuh, tiga pilot harus menggabungkan hati, tubuh, dan jiwa mereka menjadi satu — suatu prestasi yang bisa dicapai beberapa orang. Karena itu, pencarian yang disebut ‘Pengguna Elemen’ diprioritaskan, dengan harapan dapat memastikan masa depan umat manusia .ousei no Aquarion mengikuti kisah Apollo, seorang pria muda yang hampir dibesarkan dalam kemiskinan, yang diyakini sebagai pahlawan legendaris bereinkarnasi . Setelah sahabatnya diambil oleh Shadow Angels, Apollo memilih untuk menjadi pilot Aquarion. Akankah dia mampu mengubah gelombang perang, dan membebaskan umat manusia dari ancaman Malaikat Bayangan untuk selamanya?