Shion no Ou mengikuti kisah Yasuoka Shion, pemain Shougi berusia 13 tahun dengan masa lalu yang tragedi. Orang tua Shion dibunuh secara brutal di depannya ketika dia berusia 5 tahun. Pembunuh itu duduk bersamanya dan menantangnya ke permainan Shougi, setelah memberi tahu dia bahwa jika dia ingin tetap hidup, dia harus lupa bagaimana berbicara, dan melupakan apa yang terjadi malam itu. Sekarang Shion telah memasuki ranah pro Kishi perempuan, bisu tapi kuat. Ketika permainannya semakin menarik perhatian, begitu juga pertanyaan tentang masa lalunya dan pembunuhan brutal yang dia saksikan. Ingatan Shion perlahan kembali, dan misteri mulai terurai, benang demi benang.