Lain Iwakura, seorang anak berusia 14 tahun yang canggung dan introvert, adalah salah satu dari banyak gadis dari sekolahnya yang menerima email yang mengganggu dari teman sekelasnya Chisa Yomoda — Chisa yang sama yang baru saja melakukan bunuh diri. Lain tidak memiliki keinginan atau pengalaman untuk menangani bahkan teknologi dasar; namun, ketika technophobe membuka email, itu membawanya langsung ke Wired, dunia virtual jaringan komunikasi yang mirip dengan apa yang kita kenal sebagai internet. Kehidupan Lain terbalik ketika ia mulai menemukan misteri samar satu demi satu. Pria-pria aneh bernama Men in Black mulai muncul ke mana pun dia pergi, mengajukan pertanyaan dan entah bagaimana mengetahui lebih banyak tentang dia daripada yang dia sendiri tahu. Dengan batas-batas antara realitas dan ruang maya yang cepat kabur, Lain terjerumus ke dalam peristiwa yang lebih nyata dan ganjil di mana identitas, kesadaran, dan persepsi adalah konsep yang mengambil makna baru.
Ditulis oleh Chiaki J. Konaka, yang karya-karyanya yang lain termasuk Texhnolyze, Serial Experiments Lain adalah seri misteri avant-garde psikologis yang mengikuti Lain ketika dia membuat pilihan-pilihan penting yang akan memengaruhi dunia nyata dan Wired. Dalam menutup satu dunia dan membuka dunia lain, hanya Lain yang akan menyadari pentingnya kehadiran mereka.