C.E. 73: Sementara pertempuran kedua Yachin Due mengakhiri peperangan antara Naturals dan Koordinator, ketegangan antara kedua ras berada pada titik tertinggi sepanjang masa. Selama pertemuan antara Ketua TANAMAN Gilbert Dullindal dan Orb Representative Cagalli Yula Athha, satu unit tentara membajak Gundams yang baru dikembangkan ZAFT. Prajurit ZAFT, Shinn Asuka bersama dengan teman-temannya di kapal ZAFT, sortir Minerva dalam upaya untuk mencegah pembajakan ini. Dengan bantuan pengawal Cagalli, Athrun Zala, Minerva mengejar kapal tak dikenal yang membajak Gundams sampai terjadi masalah yang lebih besar yang mengarah pada dimulainya perang Valentine Berdarah kedua.