Pada tahun 2311 M, dunia yang tadinya penuh konflik antar benua kini bersatu, dipimpin oleh Earth Sphere Federation (ESF). ESF membentuk satuan tugas militer preventif yang dikenal sebagai A-Laws, menugasi mereka untuk mematikan organisasi teroris yang kejam. Ketika mereka mendapatkan semakin banyak otoritas hukum, A-Laws mulai memutarbalikkan hukum agar sesuai dengan agenda mereka sendiri, memerintah warga Bumi dengan tangan berat. Dalam menanggapi perilaku fasis dari A-Laws, anti-teroris grup Selestial Being muncul kembali. Dipimpin oleh mobile suit canggih yang dikenal sebagai Gundam, pilot Celestial Being mengobarkan perang baru dengan A-Laws, yang bertujuan untuk menghentikan penyalahgunaan kekuasaan mereka yang kejam. Setuna F. Seiei, pilot Gundam Exia, membantu untuk memimpin tuduhan bersama dengan sesama Gundam Meisters Lockon Stratos, Allelujah Haptism, dan Tieria Erde. Namun dalam prosesnya, Setsuna menemukan plot konspirator yang dipelopori oleh faksi baru, Inovator, dan harus bersaing dengan luka lama dan hantu masa lalu untuk menyelamatkan dunia yang membenci dirinya.