Takamachi Nanoha adalah siswa kelas tiga normal yang merasa sedikit tidak berguna dan tidak cocok tanpa tujuan. Lalu suatu hari, dia menyimpan seekor musang, yang ternyata adalah penyihir dari planet lain yang datang ke planet ini untuk mencari biji permata. Nanoha setuju untuk membantu, tetapi tugas ini menjadi rumit ketika gadis lain datang untuk mencuri mereka.