Delapan tahun setelah peristiwa Macross F, sebuah fenomena misterius yang dikenal sebagai Sindrom Var secara bertahap memakan galaksi. Terserah generasi baru pilot Valkyrie yang sangat berkemampuan untuk menghadapi ancaman universal ini. Dan jika mereka tidak memiliki cukup di piring mereka, tim tempur Aerial Knights Valkyrie dari Kingdom of Wind telah datang untuk menantang Delta Squadron.