Magician’s Academy berputar di sekitar Takuto Hasegawa, yang menghadiri akademi sihir yang tidak ditandai di peta mana pun. Selama ujian mantra pemanggilan, ia secara tidak sengaja menciptakan seorang gadis bernama Tanarotte, yang kebetulan memiliki kekuatan magis yang cukup untuk menghancurkan negaranya, tetapi untungnya Tanarotte mengakui kesetiaan (dan cinta) abadi kepada ‘penciptanya’.