Apakah itu sedang menyelidiki kuil batu, melacak rumor, atau hanya bermain petak umpet, Koyomi Araragi selalu ada untuk memenuhi permintaan teman-temannya baik dari dunia manusia maupun dunia supranatural. Koyomimonogatari menceritakan serangkaian cerita pendek yang melibatkan Koyomi ketika dia membantu masing-masing gadis dalam kelompoknya memecahkan misteri atau membunuh waktu, di samping masalah yang belum diselidiki dalam pendahuluan penting ini sebelum bab terakhir kisahnya.