Menyusul penutupan kasus ‘Pria Tertawa’, Bagian 9 didirikan kembali oleh Perdana Menteri Jepang yang baru terpilih, Youko Kayabuki, untuk memerangi ancaman terus-menerus dari terorisme dunia maya. Kelompok yang menyebut diri mereka ‘The Individual Eleven’ telah mulai melakukan tindakan teror di seluruh Jepang. Sementara Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou, dan anggota lain dari Bagian 9 menyelidiki ancaman baru ini, pemerintah Jepang menghadapi krisis yang terpisah, ketika pengungsi asing yang dipindahkan oleh Perang Dunia Ketiga mencari suaka di Jepang. Tetapi sebagai anggota tim operasi khusus terus bertemu Gouda Kazundo