Di kerajaan Earlshide, Merlin Walford pernah dianggap sebagai pahlawan nasional, dipuji karena kekuatan dan prestasinya. Namun, lebih memilih kehidupan yang tenang, ia mengasingkan diri jauh di dalam hutan pedesaan, mendedikasikan waktunya untuk membesarkan anak yatim yang ia selamatkan. Anak yatim ini adalah Shin, seorang pekerja gaji normal di zaman modern Jepang yang bereinkarnasi ke dunia Merlin sambil tetap mempertahankan kenangan masa lalunya. Seiring berlalunya waktu, Shin menampilkan bakat yang tak tertandingi dalam casting sihir dan seni bela diri, yang membuat takjub Merlin. Namun pada ulang tahunnya yang ke-15, menjadi jelas bahwa Shin hanya mengembangkan keterampilan tempurnya dan tidak ada yang lain, meninggalkannya dengan kecanggungan sosial yang terang-terangan, kurangnya akal sehat, dan rasa tanggung jawab yang menengah. Sebagai hasilnya, Shin mendaftar di Akademi Sihir kerajaan untuk mengasah keterampilan dan matang di antara remaja lainnya. Namun, menjalani kehidupan normal tidak mungkin, karena ia ditetapkan sebagai selebriti lokal segera setelah ia tiba. Kenja no Mago mengikuti kehidupan sekolah menengah Shin Walford di ibukota saat ia menjalin pertemanan baru, belajar tentang dunia, dan berjuang melawan berbagai kekuatan jahat yang mengelilinginya dan kotanya.