Ada makhluk kegelapan dan kejahatan yang mengganggu malam itu, melahap setiap manusia yang cukup malang untuk ditangkap dalam genggaman mereka. Di sisi lain adalah Hellsing, sebuah organisasi yang didedikasikan untuk menghancurkan kekuatan-kekuatan supernatural yang mengancam keberadaan umat manusia. Yang paling utama adalah Integra Fairbrook Wingates Hellsing, yang memimpin militer yang kuat dan menghabiskan hidupnya melawan mayat hidup. Namun pasukan Integra yang sangat besar, tidak ada artinya jika dibandingkan dengan senjata pamungkasnya: vampir Alucard, yang bekerja melawan jenisnya sendiri sebagai pembasmi untuk Hellsing. Dengan hamba vampir barunya, Seras Victoria, di sisinya, Alucard harus bertarung tidak hanya monster, tetapi semua orang yang berdiri untuk menentang Hellsing, baik mereka dalam kedok kebaikan atau kejahatan. Dalam pertempuran demi keselamatan umat manusia, Hellsing Ultimate membuktikan bahwa penampilan tidak semuanya seperti yang tampak, dan kadang-kadang senjata terhebat bisa datang dalam bentuk mimpi terburuk seseorang.