Kanenone Gakuen adalah sekolah asrama khusus pria yang berlokasi di pedesaan Jepang. Meskipun sekolah yang semuanya laki-laki bukanlah hal yang baru, kehidupan bisa menjadi sangat sulit ketika tidak ada siswa perempuan yang bermil-mil jauhnya. Untuk membantu kesehatan psikologis semua orang yang terlibat, dewan sekolah telah memutuskan untuk mencoba dan bergabung dengan sekolah asrama khusus perempuan terdekat untuk menjadi co-ed. Anak-anak laki-laki Kanenone lebih dari senang dengan prospek, dan anak-anak perempuan penasaran tentang betapa menariknya kehidupan sekolah jika ada lebih banyak anak laki-laki di sekitarnya. Sebelum ada keputusan serius yang dibuat, gadis-gadis itu diundang untuk tinggal di Kanenone selama satu bulan sebagai ujian. Green Green mengikuti Yuusuke Takazaki dan teman-teman kamarnya yang nakal bernama Baka (Idiot) Trio, dan kemampuan mereka untuk berbicara dengan gadis-gadis tanpa membuat orang benar-benar bodoh. Tapi begitu bus sekolah dengan gadis-gadis tiba, segalanya menjadi aneh, hormonal, dan histeris. Secara khusus, seorang gadis bernama Midori Chitose melompat turun dari bus dan langsung memeluk Yuusuke yang sangat bingung. Apakah dia pria wanita alami, atau apakah mereka berdua memiliki sejarah bersama yang tidak dia sadari?