Siswa yang riuh Kaname Chidori dan prajurit Sousuke Sagara menikmati kehidupan sekolah menengah yang penuh kebahagiaan. Namun, hari-hari damai mereka terganggu oleh organisasi teroris Amalgam yang mengancam. Leonard Testarossa, seorang anggota organisasi yang memiliki ‘Bisikan,’ berusaha mendapatkan Kaname dan pengetahuannya. Pertempuran Kaname dan Sousuke melawan Amalgam dimulai tepat di lingkungan mereka sendiri, yang pada akhirnya membawa mereka berburu di seluruh dunia. Dari tanah eksotis Laos ke pantai Meksiko yang tandus, Sousuke harus mengumpulkan intelijen untuk menjatuhkan Amalgam. Sementara itu, kemampuan Kaname tumbuh, tetapi begitu juga frustrasinya saat tekadnya layu. Terperangkap dalam permainan petak umpet yang intens, serta plot strategis, pasangan ini mencoba untuk terhubung dan mendorong melampaui batas mereka sendiri.