Setelah dampak kedua, semua yang tersisa dari Jepang adalah Tokyo-3, sebuah kota yang sedang diserang oleh makhluk raksasa yang berusaha untuk membasmi umat manusia, yang disebut Malaikat. Setelah tidak melihat ayahnya selama lebih dari delapan tahun, Shinji Ikari menerima panggilan telepon di mana ia diperintahkan untuk segera datang ke Markas NERV, sebuah organisasi yang berhubungan dengan penghancuran Malaikat melalui penggunaan mesin raksasa yang disebut Eva. Shinji tujuan adalah untuk pilot Eva Unit 01 saat bekerja sama dengan Eva Unit 00 pilot, Ayanami Rei.