Ketika tragedi akan menyerang, Satoru Fujinuma menemukan dirinya dikirim kembali beberapa menit sebelum kecelakaan itu terjadi. Seniman manga berusia 29 tahun yang terpisah telah memanfaatkan fenomena kuat namun misterius ini, yang ia sebut ‘Revival,’ untuk menyelamatkan banyak nyawa. Namun, ketika ia secara salah dituduh membunuh seseorang yang dekat dengannya, Satoru dikirim kembali ke masa lalu sekali lagi, tetapi kali ini ke tahun 1988, 18 tahun di masa lalu. Segera, ia menyadari bahwa pembunuhan itu mungkin terkait dengan penculikan dan pembunuhan salah satu teman sekelasnya, Kayo Hinazuki yang sendirian dan misterius, yang terjadi ketika ia masih kecil. Ini adalah kesempatannya untuk memperbaikinya. Boku dake ga Inai Machi mengikuti Satoru dalam misinya untuk mengungkap apa yang sebenarnya terjadi 18 tahun yang lalu dan mencegah kematian teman sekelasnya sekaligus melindungi mereka yang dia pedulikan di masa sekarang.