Ketika makhluk misterius memotong bulan ke bulan sabit permanen, siswa kelas 3-E dari Sekolah Menengah Kunugigaoka menemukan diri mereka dihadapkan dengan tugas besar: membunuh makhluk yang bertanggung jawab atas bencana sebelum Bumi mengalami nasib serupa. Namun, monster itu, dijuluki Koro-sensei (guru yang tidak bisa dihancurkan), mampu terbang dengan kecepatan hingga Mach 20, yang ia tunjukkan dengan bebas, meninggalkan setiap upaya untuk menaklukkan dirinya dalam debu ekstraterestrial. Lebih jauh lagi, kesalahan 3-E segera menemukan bahwa makhluk aneh, tentakel lebih dari sekadar gigih